工程決算和竣工決算是從不同的側面對建設單位在項目管理過程中費用支出情況的反映，是對項目建設成果的反映。但兩者之間存在著一定的差異。

　　工程決算是從工程管理的角度出發，側重于工程實體形成過程中“量”、“價”、“費”的分析，以建安工程費用為重點，以簽定的合同為基礎，以實施工程量、合同單價及合同相關條款為核算依據，同時反映工程管理過程中量的變化引起的費用變化和非量變化引起的費用變化，最終形成以建設項目的費用構成為表現形式并反映項目分部、分項工程的工程量大小以及綜合單價的高低。在編制過程中側重于對計價依據執行情況的考核，能夠確定費用支出的必要性和合理性，因此它不僅是對項目實際造價的反映，同時也是規范工程管理過程、提高管理水平的一個重要手段，并且完善了以“量”、“價”、“費”為主線的估、概、預、決算體系。

　　竣工決算則是從財務管理的角度出發，側重于對資金的流向、大小和在時間上分布的分析，以現行的財稅制度為依據，通過對資金的流動情況為重點進行分析，形成符合基本建設財務管理辦法的科目體系，來反映竣工工程從開始建設起至竣工為止的全部資金來源和運用情況，達到核定使用資產價值的目的。由于它側重于對財務制度執行情況的反映，能夠確定資金流動的真實性和合法性，是辦理資產交付使用手續的依據。

　　作為工程建設過程中缺一不可的兩個管理體系—工程管理和財務管理，是緊密聯系、相互制約的，那么同為對管理成果的直接反映，工程決算和竣工決算也是相輔相成的。工程決算是在基礎數據表所反映的內容的基礎上對工程管理過程的監督，在一定程度上滿足了工程管理人員對有關造價信息的需求，也是編制竣工決算的基礎和依據;而竣工決算是通過對財務管理過程中日常費用支出的監督檢查，達到規范管理的目的，同時也是對工程決算的歸納和總結